正応元年（1288年）４月、当地を大地震が襲いました。その時、不思議にも、本尊薬師如来像が大門池の南側に聳えていた槙の大木の枝にのっていました。
土地の人が畏れ多いと、早速その如来像を下ろして祀ったのが、薬師供養の始まりと昔から言い伝えられています。
その後、後亀山天皇、元中元年（1384年）足利義満に堂の建築を要請し、本郷の光明寺を建立したとき、釈迦堂、大日堂と同様に建立したのが、現在の薬師寺、即ち瑠璃山妙照寺です。
お堂は平成９年に新築され、歯痛、頭痛に効き目の多い薬師さんとして崇敬されています。

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